Salut à tous,
Merci d'avoir crééer cet espace de discussion, qui mérite je pense plus de pub 🙂

Je suis content de voir qu'on retrouve des français dans org-roam et org-mode ! Je traine un peu sur le discord de doom-emacs, et j'ai posté une ou deux choses sur le discourse d'org-roam.

Je sais qu'il y a un débat actuellement sur la facilitation de l'accès à org-mode pour des débutants emacs. Pour ma part, c'est un retour aux sources. J'ai utilisé emacs pendant mes études, mais je le trouvais lent et moche.
Entre temps j'ai testé tout un tas de gestionnaires de projets, mais aucun ne m'a permis d'atteindre la flexibilité d'org-mode + org-roam + org-babel pour faire de la recherche reproductible. Et puis j'ai découvert doom-emacs, sa rapidité / flexibilité, et sa communauté sous discord, qui est vraiment sympathique.

J'essaye d'investir le sujet de la reproductibilité avec org-mode / babel pour mes futurs TP en proposant des TP en full reproductible. On va pas se mentir, c'est pas facile facile de s'y retrouver, et pourtant j'ai un background en informatique... Ce que propose tecosaur avec un nouveau site web pour org, et ce qu'il a fait dans son dotfile (https://tecosaur.github.io/emacs-config/config.html#Intro), m'ont vraiment aidé à reprendre ma config en main.

La question de la reproductibilité scientifique avec org a je crois été abordé par l'inria dans un mooc, mais je pense qu'il faut proposer du clef en main, du type de ce qui se fait avec RStudio et RMarkdown / Jupyter et Jupytext Jupyter Book & MYsT, et pour ça ben il faut s'y coller... et ça prend du temps, beaucoup de temps .. arg.

Je construit un TP git en org, comme une extension publiable de mon "Digital Garden", et je me suis heurté à pas mal de petite choses que j'ai posté, parfois avec des retours de la communauté et parfois non. Peut être parceque ce n'est pas le bon endroit pour en discuter :

a) - Publier une partie seulement du contenu de mon digital garden, avec un système de routing (tel tag est filtré, puis compiler vers tel ou tel dossier) : https://org-roam.discourse.group/t/package-dedicated-to-workflows-publishing-digital-garden-on-web/536/5 avec des pistes vers une extension d'org-publish pour faire ça.
b)- gestion des chemins est gallère : https://emacs.stackexchange.com/questions/54914/rewrite-relative-or-absolute-path-from-inherited-tramp-ssh-property-with-org-bab et https://emacs.stackexchange.com/questions/54784/managing-path-for-reproductible-scientific-paper-using-session-org-babel-and-or J'ai vu récemment qu'un patch org était sorti pour évaluer des fonctions dans les headers, et ca c'est un sacré plus je pense pour s'en sortir.
c)- gestion des secrets sans casser la reproductibilité : https://orgmode.org/list/78ce8771b0de8a51d69a8ad87d63c8288546c929.camel@univ-rouen.fr/

Mais il y aurait surement une liste à faire des fonctionalités / possibilités en comparaison de ce qu'il est possible de faire avec RMarkdown ou Jupyter vs org-babel/org-mode. Sachant qu'org-babel avec noweb + gestion du code imbriqué avec lsp est quand même une tuerie..

Une des autres difficultés, c'est de s'y retrouver dans la façon d'exporter du contenu de org vers html. Entre pandoc, ox-pandoc, ox-hugo, org-publish, etc. on s'y perd très très facilement. A tel point que je ne sais pas trop par ou commencer ...

Sur le plan scientifique, pandoc me parait être la meilleure possibilité (voir le site d'Arthur Perret par exemple) pour assurer la longévité de la conversion. Du coup Hakyll, qui s'intègre très bien pourrait être une piste ? Ou alors faut il passer par le système de publication html de org ? bref je m'y perd.